天然のはちみつは何年も保存できますが、時間の経過とともにはちみつの色合いが濃くなり、結晶化（容器底面から白い塊が生じる）することもあります。このような場合には低温で加熱すると結晶が溶け、液状にもどります。

製品化の過程でクリーム化処理されているはちみつの場合は、時間が経つと液状化します。その場合にははちみつをかき混ぜ、一晩冷蔵庫にいれると再度クリーム化し、パンなどに塗りやすくなります。

商品としてはちみつを容器に充填する際に不備があり、容器内に空気が入りすぎた場合には、時間が経つにつれ、はちみつが発酵し臭うこともあります。

しかし正しく容器充填され、室温以下で保存されたはちみつは、何年も保存が効き、おいしく食べられます。