天然のはちみつは何年も保存できますが、時間の経過とともにはちみつの色合いが濃くなり、結晶化（容器底面から白い塊が生じる）することもあります。このような場合には低温で加熱すると結晶が溶け、液状にもどります。

製品化の過程でクリーム化処理されているはちみつの場合は、時間が経つと液状化します。その場合にははちみつをかき混ぜ、一晩冷蔵庫にいれると再度クリーム化し、パンなどに塗りやすくなります。

商品としてはちみつを容器に充填する際に不備があり、容器内に空気が入りすぎた場合には、時間が経つにつれ、はちみつが発酵し臭うこともあります。

しかし正しく容器充填され、室温以下で保存されたはちみつは、何年も保存が効き、おいしく食べられます。

ニュージーランドでははちみつのラベルに賞味期限を表示する必要がありません。これははちみつだけではなく、2年以上保存できる食品すべてに該当します。

しかし日本では、はちみつは加工食品に分類されており、加工食品にはすべて賞味期限を明記する必要があります。